蛋白酶Ｋ主要應用于基因檢測中基因抽取，是檢測試劑盒生產的重要原料，蛋白酶K產品由于在尿素和SDS中仍然具有降解天然蛋白質的能力，因而被廣泛應用于制備脈沖電泳的染色體DNA，以及去除DNA和RNA中的核酸酶。現有基因抽提及檢測試劑盒中均需配備該酶。

　　蛋白酶K配制標準：20mg/ml蛋白酶K配制標準(proteinaseK)：將200mg的蛋白酶K加入到9.5ml水中，輕輕搖動，直至蛋白酶K*溶解。不要渦旋混合。加水定容到10ml，然后分裝成小份貯存于-20℃。

　　蛋白酶K的保存：保存在-20℃冰箱里，避免反復凍融，有效保證12月。

　　蛋白酶K在原位雜交技術中通常用于雜交前的處理，它具有消化包圍靶DNA蛋白質的作用，以增加探針與靶核酸結合的機會，提高雜交信號.但蛋白酶K的濃度過高、消化時間過長或孵育溫度過高時，都會對細胞的結構有一定的破壞，導致組織切片的脫落，細胞核的消失，從而影響雜交結果。EDTA緩沖液可以替代蛋白酶K的作用，解決上述出現的問題，并能達到理想的染色效果。